중소벤처기업부(장관 이소영)와 국세청(청장 임광현)이 미래 인공지능(AI) 산업을 선도할 유망 중소기업과 스타트업 2,559개사를 대상으로 기술개발과 사업화 지원에 세정지원까지 연계하는 종합적인 성장지원에 나선다. 양 기관은 10월 12일 AI 중소·스타트업의 혁신성장과 글로벌 경쟁력 강화를 위해 중기부의 연구개발(R&D)·사업화·금융·창업 지원과 국세청의 세정지원을 유기적으로 연결하는 협업체계를 본격 추진한다고 밝혔다.

이번 조치는 지난해 12월 양 기관이 체결한 'AI 중소·스타트업 성장지원을 위한 업무협약'의 후속 조치다. 기존의 개별적인 정부 지원사업과 세정지원 방식을 연계형 성장지원 체계로 전환해 AI 기업이 기술개발과 시장진출에 보다 집중할 수 있도록 한다는 취지다.

AI 기업 2,559개사 대상…20개 지원사업과 세정지원 연계

중기부는 올해 AI 모델과 서비스 개발, AI 기술의 산업현장 적용 등을 지원하는 20개 사업을 통해 유망 AI 중소·스타트업을 발굴하고, 관련 기업 명단을 국세청과 공유했다.

주요 지원사업에는 AI 기술개발(R&D), AI 응용제품 신속 상용화, AI·AX(인공지능 전환) 경쟁력 강화 우대보증, AI 기반 스마트공장 구축, 딥테크 창업지원, 글로벌 액셀러레이팅 등이 포함된다. 특히 중소기업기술혁신개발사업을 통한 AI 모델 개발과 AI 기반 후보물질 탐색, 중소제조특화 Multi AI Agent 개발 등 첨단기술 분야에 대한 지원도 추진된다. 이와 함께 초기창업패키지, 창업도약패키지, 초격차 스타트업 프로젝트, 글로벌기업 협업프로그램, 창업성장기술개발사업(TIPS) 등을 통해 창업 초기부터 성장·투자·해외시장 진출에 이르는 단계별 지원체계를 마련했다.

국세청은 중기부가 지원한 기업을 토대로 세정지원 대상을 확정하고, 세무검증 최소화와 세액공제 사전심사, 세무 컨설팅, 납세 유동성 지원 등의 혜택을 제공한다.

창업 5년 이내 AI 스타트업, 정기 세무조사 선정 제외

이번 지원에서 주목되는 부분은 AI 기업의 성장 단계에 따라 차등 적용되는 세무검증 부담 완화 조치다.

국세청은 창업 5년 이내 AI 스타트업을 정기 세무조사 선정 대상에서 제외한다. 그 밖의 AI 중소기업에 대해서는 납세자의 신청에 따라 정기 세무조사를 2년간 유예하고, 지방 소재 기업은 3년간 유예한다. 또한 명백한 탈루 혐의가 없는 경우에는 신고내용 확인 대상에서도 제외해 기업이 세무검증 부담을 덜고 연구개발과 사업화에 집중할 수 있도록 지원한다.

이번 세정지원은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지 운영될 예정이다.

이 같은 조치는 기술개발 초기 대규모 연구개발비와 인건비, 데이터 및 컴퓨팅 인프라 구축비용이 필요한 AI 스타트업의 특성을 고려한 것이다. AI 기업은 초기 투자 규모가 큰 반면 안정적인 매출과 수익을 확보하기까지 상당한 시간이 소요되는 경우가 많아 성장 과정에서의 세무 부담 완화가 중요한 지원 요소로 평가된다.

세액공제 사전심사·환급금 조기 지급 등 자금 유동성 지원

국세청은 AI 중소기업의 연구개발 활동을 촉진하기 위해 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅 신청을 우선 처리한다. 이를 통해 기업이 연구개발 관련 세제혜택을 보다 원활하게 활용하도록 지원할 계획이다.

자금 유동성 지원도 강화된다. 납부기한 연장, 납세담보 면제, 압류·매각 유예, 경정청구 우선 처리, 법인세 및 부가가치세 환급금 조기 지급 등을 통해 AI 기업의 자금 부담을 완화한다. 아울러 홈택스에 AI 중소기업 전용 상담 서비스를 제공하고, 전국 세무서 법인세과에 전용 상담창구를 운영한다. 전용 상담창구에서는 세제혜택 안내와 세무상 애로사항 상담 등을 지원하며, 현장의 의견을 수렴해 제도개선에도 반영할 계획이다.

기술개발부터 글로벌 진출까지 연계형 성장지원 강화

이번 협업은 정부의 산업지원 정책과 세정지원 정책을 결합했다는 점에서 의미가 있다.

중기부는 기술개발과 창업, 사업화, 금융, 글로벌 진출 등을 지원하고, 국세청은 기업의 성장 과정에서 발생할 수 있는 세무 부담과 자금 유동성 문제를 완화하는 역할을 맡는다. 양 기관은 이를 통해 AI 중소·스타트업이 기술개발과 사업화 단계를 넘어 성장과 투자, 글로벌 시장 진출로 이어지는 과정에서 보다 안정적인 기업활동을 수행할 수 있을 것으로 기대하고 있다. 또한 이번 지원사업은 중기부와 국세청의 상호 협의에 따라 대상 사업을 확대할 수 있도록 해 향후 정책 연계 범위가 넓어질 가능성도 열어뒀다.

이소영 장관 "AI 스타트업 성장에 집중할 수 있는 환경 조성"

이소영 중소벤처기업부 장관은 "AI 산업의 경쟁력은 혁신적인 기술과 아이디어를 가진 스타트업이 얼마나 빠르게 성장할 수 있는 환경을 만들어 주느냐에 달려 있다"며 "이번 협업을 통해 중기부의 기술개발(R&D)·사업화·금융·글로벌 진출 지원과 국세청의 세정지원이 유기적으로 연결되어, 유망 AI 중소·스타트업이 기술개발과 성장에 더욱 집중할 수 있는 기반을 만들겠다"고 밝혔다.

임광현 국세청장도 "AI 중소·스타트업은 기술혁신과 미래 성장동력 창출을 이끌 핵심 기업인 만큼, 성장 과정에서 겪는 세무상 어려움을 줄여 기업이 연구개발과 사업에 집중할 수 있는 환경을 조성하는 것이 중요하다"고 강조했다. 이어 "중기부와 긴밀하게 협력해 AI 기업이 현장에서 체감할 수 있는 실질적인 세정지원을 지속해 나가겠다"고 말했다.

이번 중기부와 국세청의 협업은 AI 중소·스타트업에 대한 지원을 기술개발과 사업화 중심에서 세무·재무 부담 완화까지 확장한 정책으로, 국내 AI 산업의 성장 기반을 강화하는 계기가 될 것으로 기대된다. 특히 정부 지원사업에 선정된 유망 AI 기업이 세무 부담을 줄이면서 핵심기술 개발과 사업화, 해외시장 진출에 역량을 집중할 수 있도록 한다는 점에서 향후 정책 효과가 주목된다.